本港不少中學均由教會團體所辦，本報向部份基督教辦學團體查詢如何處理學生罷課，其中播道會及禮賢會均表示，在罷課一事上會讓學校校長自行決定處理方法，也會盡力支援學生需要。路德會則表示，他們屬下學校未有學生表示會罷課，亦對罷課一事未有官方立場，但該會早於五月已有留意政改發展動態並去信屬校呼籲關注。
中華基督教會香港區會學務總監余煊則表示，該會會向轄下學校給予幾個原則：一、認清中華基督教會的教會精神和處事手法是注重大體，認同彼此會有差異，雖然意見不同，但以愛去解決事情；二、須確保學校是個安全的地方讓學生學習和培育他們成長；三、不鼓勵師生以罷課表達訴求。余煊又表示，若真的罷課，希望學生要得到家長的同意，以及能與校長保持溝通。
而聖公會教省祕書長管浩鳴牧師早前則向傳媒表明，屬校不接受學生罷課，學生亦不可佩戴黃絲帶，若有家長信則當事假處理。至於天主教香港教區教育事務處早前則向屬校發表指引，強調尊重師生的選舉權，亦不建議校方向罷課師生處分，惟學生必須獲家長同意。
中學校長會：維護學校專業自主
香港中學校長會於九月十五日發表《香港中學校長會執委會有關守護學校教育專業自主的聲明》，表示極度關注香港因政見分歧而出現的社會撕裂和對立，以及其對學生身心發展的影響。聲明特別指出「個別不同背景的團體嘗試以政治方式左右學校管理及正常運作」，令人擔憂。聲明認為，學校的教育專業自主必須得到保護，「所有外來政治影響及壓力──不論出於任何意圖或政治立場，都必須在校園以外止步。」
香港中學校長會祕書、英華女學校校長李石玉如接受本報查詢時表示，該聲明主要是捍衛學校的專業自主，但並沒有回應中學生罷課，理由是罷課比較複雜和敏感，難以處理。石玉如指出，據她了解，現時整個教育界是各有各的做法，但一般而言，約一半人覺得在中學要舉行罷課，而大部份覺得學生請假出外罷課，而又得到家長同意，是可接受的。她又指，有學生和家長非常反對罷課，所以中學會繼續正常的教學，也有學校會在校內安排地方給罷課的學生，因為在校內會比較安全。
