關於早期香港教會，倫敦傳道會的工作是不能不提的。在十九世紀末，他們的事奉成果，包括全港（甚至可能是全中國）首間華人自理教會——道濟會堂；兼具醫科教學與醫療宣教，以至成為後來香港大學發軔之始的雅麗氏利濟醫院；還有領先本地教會一個世紀的社會企業，還有宣教士翻譯的大量中國古籍。倫敦傳道會的宣教士不乏知識份子；而他們的宣教工作，遍及範疇之廣度和深度，即使今天也沒多少個差會有這樣的實踐視野。不過他們當時在香港的服侍能走到這一步，其實也曾經經歷過一番探索與折騰。
倫敦傳道會的合信醫生（Benjamin Hobson）是該會在港首位正式展開事工的宣教士。當英軍在一八四一年佔領香港之時，他和家人正在澳門，在跨國醫療組織中國醫療傳道會的醫院工作。一八四二年九月，即《南京條約》正式簽訂之後，醫療傳道會決定將醫院由澳門遷至香港。合信隨即出售在澳門的醫院，將資金人員調遷香港，並在香港政府的支持下，在現時的灣仔摩利臣山上興建一座醫院，於一八四三年六月開幕。同月，原在馬六甲英華書院的理雅各亦抵達香港，隨他到來的還有同數名華人信徒、英華書院的藏書以及印刷設施。
其實，倫敦傳道會在一八四二年得悉中國開放後，就於年底要求該會在中國和南洋各地的宣教士盡快前往香港，策劃未來中國事工。一八四三年八月十日，包括合信和理雅各在內的倫敦傳道會宣教士在合信的住處召開了名留宣教史冊的弟兄會議（Conference of Brethren）。這個一連數天的會議作了多項重要決定，包括南洋各地事工去向、未來中國事工規劃、馬六甲英華書院遷港後的定位與發展規劃等。
當時會上的傳教士重申，他們期望英華書院能夠：一、溝通中西文化（the reciprocal cultivation of European and Chinese literature）；二、傳播基督教。兩者之中，後者為主要目標，溝通文化的目的是協助基督教的傳播。在他們的構思裡，英華書院以現時的標準看來已達大專程度，為全中國服務，而香港亦成了他們在中國宣教的後勤基地。
然而這個培訓中國本地宣教人才的計劃，最終卻無法如願。首先，香港政府認為英華師生在之前的英國對華戰爭中完全沒有出力相助，拒絕撥地撥款支持。之後宣教士索性將書院宗旨改為以支援傳揚基督信仰為主，連校名也打算更改為「倫敦傳道會中國神學院」（The Theological Seminary of the London Missionary Society in China），並隨即籌辦預備學校，好為這間未來神學院提供學生來源。預備學校收生情況一度頗為不俗，例如在一八五一年，全校學生曾達六十一人。主理學校事務的理雅各更嘗試將學校推上神學院的水平，卻未能成事，到一八五六年書院解散之時，傳教士的書信和報告之中，仍未見提及學校有教授神學及聖經科目。
書院停辦，關鍵之處是預備學校所訓練的中英雙語人才，均被當時正在發展的香港商業社會裡高薪羅致，也有學生加入政府工作；相比之下，華人宣教師月薪只及坊間的四份一到五份一。事實上，在書院解散前一年，理雅各已感到意興䦨珊。劉紹麟的《香港華人教會之開基》引述了理雅各當年這一番話：
過往的經驗，使我相信在這裡訓練年輕人當傳道人並不可行，特別是這裡並非即時需要他們的服務，又有太多東西使他們改變志向。
倫敦傳道會的早年辦學事工雖然遇到挫敗，所培訓的學生沒有成為宣教士，香港作為「宣教後勤基地」的設想也好像落空了一大半。然而這些學生卻成了香港新興的城市專業階層，對未來倫敦傳道會的堂會工作帶來意想不到的果效，成為另一階段發展的基礎。
